怀孕36天是否可以进行药物流产，需要取决于是否有明显可以观察到的孕囊。首先，适合进行药物流产的时间，通常是在怀孕后的35天到42天左右。

怀孕36天，虽然在可以进行药物流产的范围内，但是由于不同的女性孕囊发育的情况不同，可能会由于怀孕的时间尚早，导致还看不到完整的孕囊，这种情况下就不能进行药物流产。

因此，如果想要确定是否可以药物流产，需要先到医院进行B超检查来判断。如果明确存在有宫腔内的孕囊，就可以遵医嘱进行药物流产。