肛门长了小肉疙瘩出现疼痛情况，常见于以下几方面原因：

首先，以痔疮病变多见。由于痔疮发病的病理基础在于肛管静脉丛扩张以及肛垫下移，这种病理性变化就会形成痔核组织，表现为肛门部位小肉疙瘩。如果患者不注意治疗，导致病变部位出现水肿，就会诱发疼痛情况出现。

其次，见于肛裂病变患者。由于肛裂患者病史较长，形成前哨痔等并发症，也就表现为肛门部位肉疙瘩。受肛裂病变影响，患者多在排便时出现肛门疼痛以及便血的临床症状。

建议患者能够去肛肠科就诊，确诊具体病情，再考虑采取局部用药的保守治疗措施或者手术治疗措施。