肛门上有小肉疙瘩很疼：

首先，就是考虑发生了痔疮，痔疮如果有水肿、血栓、发炎，就会出现疼痛的症状。

另外，也要排除是不是有皮脂腺，或者是毛囊由于引流不通畅，出现了细菌的感染，也会表现为肉疙瘩疼痛的症状。

再者，就是排除是不是有肛门周围脓肿的情况，肛门周围脓肿是肛门周围感染性的疾病；在受到细菌感染之后，会出现肛门周围间隙的组织发生坏死和液化，会表现为肉疙瘩样的隆起和疼痛。

还需要排除的就是肉疙瘩是肛瘘的外口，外口反复的溃破，形成了肉芽组织，可以表现为小肉疙瘩，并且可能会出现疼痛的症状；还是建议患者导到肛肠科，通过肛门局部的检查明确诊断。