肛门边上有个小肉疙瘩疼，首先通过药物治疗或者是通过手术的方法进行治疗。

首先，考虑发生痔疮的情况，特别是血栓性的外痔，可以产生小肉疙瘩，伴随疼痛的症状，可以先进行药物对症治疗。可以口服迈之灵片、地奥司明片等药物，促进血栓的吸收。另外，局部还可以涂抹麝香痔疮膏，肛门内可以使用化痔栓等药物对症治疗。

如果小肉疙瘩是肛瘘外口肉芽组织增生所引起的疼痛，一般是需要通过手术的方法进行治疗，目前多是采用根治性的手术治疗。如果小肉疙瘩是病毒感染，形成尖锐湿疣的情况，要通过烧灼或者是冷冻的方式去除。