半夜起来上厕所突然晕倒，其原因如下：

1.排尿性晕厥。患者长时间憋尿，突然排尿后，腹腔内的压力突然下降而引起血压下降，导致脑供血不足。这时会突然之间晕倒，晕倒的时候患者的意识是清楚的。

2.心律失常。出现缓慢性心律失常的时候，例如房室传导阻滞，由于心脏排血量减少，大脑缺血、缺氧，患者会突然之间晕倒。

3.癫痫。癫痫大发作的时候会伴有意识障碍，也会出现晕倒的症状。发病后主要通过核磁共振检查、脑电图检查等，明确诊断。