导致膝盖后侧窝酸痛的原因不同，治疗方法也不一样。如果是过度劳累所导致的膝盖后侧窝酸痛，应当多休息，对局部进行热敷和按摩，通常在2~3天左右会恢复正常，不会造成太大影响。

如果是膝关节骨性关节炎所引起的膝盖后侧窝酸痛，应当使用抗炎镇痛类以及营养软骨的药物进行治疗，比如塞来昔布、硫酸氨基葡萄糖等，避免关节炎持续加重，也能够减轻疼痛的症状。

如果存在腘窝囊肿，也会导致膝盖后侧窝酸痛，当囊肿较小时，应当注意观察，先不予以进行治疗。如果囊肿较大，应当考虑手术治疗。