大多数甲亢突眼的患者，仅有轻微的非进展性眼征，其中三分之二常有自发性缓解趋势，可不必给予特殊处理，仅15%的患者病情可进一步加剧，需给予必要的治疗。

一般对于活动性甲状腺功能亢进突眼的患者，甲亢的治疗应以抗甲状腺药物为首选。对避免甲亢突眼的加重，甚至促进甲亢突眼的改善，是最好的治疗。甲亢突眼的治疗包括局部的抗炎、糖皮质激素、免疫抑制、眶放射治疗、眼压手术、血浆置换及甲状腺去除。

甲亢突眼患者依病情需要，除了药物、放疗、手术治疗外，也需要加强局部的对症治疗，以改善眼部的症状，使病情稳定。症状处理包括佩戴墨镜，睡觉时应取仰卧位、头高脚低、戴眼罩、遮盖复视眼、人工泪液眼膏。