睡醒肩膀疼与以下原因有关：

1.颈肩肌筋膜炎。此病主要是由于寒冷或潮湿、外伤等因素造成的，会使患者颈部或肩部、背部等出现疼痛、僵硬，受累的地方活动不灵活，一般多发于长期伏案工作的人群。如果在晚上睡觉时睡姿不当，导致肩膀一直受到压迫，就有可能引发这种情况出现。

2.颈椎病。此病引起的症状比较复杂，但大多数患者可能都会有颈背疼痛或僵硬，主要是由于神经根受到压迫而引起的。在晚上睡觉时姿势不对或者是枕头太高，会使神经根受压更加严重，疼痛会更加严重。