睡醒后一侧肩膀特别疼，可能是以下方面原因引起的：

1.睡觉姿势不正或者受凉引起。在睡觉后一侧肩膀受到压迫，或者肩膀暴露在外面引起受凉，会引起肌肉痉挛、血液循环不通畅等，从而引起疼痛症状。

2.白天过度劳累导致。如果白天进行过度的体力劳动，肩关节的组织受到反复牵拉，可能会导致释放过多的乳酸，在早晨醒来后就会出现肩膀疼痛。

3.肩周炎引起。肩周炎夜间没有活动，关节囊和周围的软组织渗出增加，可能会引起组织粘连影响血液循环，睡醒以后引起疼痛。

4.颈椎病引起。由于本身存在颈椎病，夜间枕头过高或受凉会引起神经根水肿，导致睡醒后一侧肩部疼痛。

出现这种情况后，要及时去正规医院就诊进行检查，明确病因后进行针对性治疗。