睡醒后左肩疼可能为肩部病变、颈椎病、肌筋膜炎等疾病所引起。

当肩部存在一些病变时，比如肩袖撕裂、肩袖损伤，或者是肩周炎等。在晚上睡觉时左肩膀部位受到压迫，或者是受到寒冷刺激，在睡醒之后就会导致左肩部位出现明显的疼痛，可通过磁共振、X片等检查明确诊断。

如果患有神经根型的颈椎病，当神经根受到压迫和刺激时，就会导致左侧肩膀出现放射性的疼痛。如果在白天进行一些重体力劳动时，导致左肩部位出现了损伤，可能会引起肌筋膜炎，在睡醒后也会出现左肩疼痛的症状。