脑干损伤的治疗原则以保护中枢神经系统功能为第一目标，根据情况酌情采用冬眠疗法，降低脑代谢，积极抗脑水肿，使用激素及神经营养药物。

积极防止和处理并发症，尤其是肺部感染、尿路感染和褥疮。加强护理、严密观察，初期发现异常，及时治疗。

对于意识障碍严重、呼吸功能紊乱的患者，初期实施气管切开至为必要，但气管切开后应加强护理，减少感染机会。补充足够的水、电解质，维持内环境的平衡。