脑干损伤，通常没有办法通过直接手术来进行治疗的，目前临床上大部分采取保守治疗，对于轻度的脑干损伤，一般按照脑挫裂伤的治疗方式给予止血、脱水、降颅压，防止并发症等综合性治疗，部分患者可以得到比较好的恢复。

对于昏迷时间比较长的比较严重的原发性脑干损伤病人，应该早期行气管切开或者呼吸机辅助呼吸，以及亚低温等治疗，也可以采取冬眠治疗，降低脑的代谢、保护中枢神经系统。

另外，可以使用脱水，降颅压以及神经营养的药物，并且积极的预防和处理并发症。