脑干损伤的治疗方法主要是包括药物治疗、营养支持治疗和对症治疗、预防并发症。脑干损伤绝大多数是因为头部的撞击外伤引起的，这首先可以通过应用消肿脱水和营养神经的药物治疗，另外可以进行吸氧、心电监护。

脑干损伤一般比较严重，大多数会处于昏迷状态，要按时的翻身拍背预防出现肺部的感染，另外可以用奥美拉唑抑制胃酸分泌预防出现应激性溃疡。同时如果是继发性脑干损伤，存在脑干受压的话，压迫严重的需要通过手术进行减压处理，解除对于脑干的压迫，有助于促进恢复。

后期稳定以后如果仍然昏迷状态，还可以做高压氧治疗，这样能够促进意识的恢复。