原发性脑干损伤的治疗方法包括药物治疗以及对症支持治疗。

原发性脑干损伤是无法通过手术处理的，手术对于脑干损伤没有什么作用，并且脑干损伤非常严重，死亡率非常高，致残率也很高。

这首先需要应用一些消肿脱水的药物，比如甘露醇来减轻水肿和降低颅内压力，改善脑的循环。另外可以用一些营养神经药物，比如神经节苷脂，同时需要吸氧、心电监护等，并且要进行对症处理。

如果出现呼吸微弱或者呼吸停止，需要用呼吸机辅助呼吸。如果出现血压下降，需要应用升压药物。同时要进行营养支持，用甘露醇脱水的同时需要应用白蛋白、脂肪乳、氨基酸等。另外如果病人短时间无法恢复意识，需要插胃管进行鼻饲流质饮食。