原发性脑干损伤是因为头部的撞击所导致的，这种脑干损伤是无法通过手术处理的，所以也没有什么手术方式。原发性脑干损伤主要是通过药物治疗以及对症支持治疗。

首先，这需要用一些消肿脱水的药物来减轻水肿，比如甘露醇。另外可以用营养神经药物来促进神经功能的恢复。同时可以进行吸氧治疗，如果出现呼吸微弱或者呼吸停止的话，需要通过呼吸机辅助呼吸。另外可以通过用一些促醒的药物来促进病人意识的恢复。

如果出现血压下降，需要用升压药物，比如多巴胺。在病情稳定以后，可以做针灸治疗和高压氧治疗，来促进别人意识的恢复。脑干损伤如果诱发或者是引起脑积水的话，可以做脑室外引流治疗。