脑干损伤的后期治疗方法主要是包括康复治疗、锻炼。脑干损伤非常严重，引起的症状也不一样。如果经过治疗以后生命征稳定了，那就要进行康复治疗。

如果病人长期昏迷的话，那可以通过做针灸和高压氧来处理，这样对于促进意识的恢复有帮助。另外还可以用一些促进意识恢复的药物，也就是促醒的药物，比如纳洛酮和纳美芬等，同时要注意加强锻炼，要多帮助肢体活动，预防出现关节的僵硬和肌肉萎缩，预防并发症。还要按时的翻身和拍背，促进痰液的排出。

如果病人意识清楚，那自己要主动锻炼，主动的进行关节的伸屈动作，这样能够促进肌肉力量的恢复。