手指甲上有小坑，首先考虑可能是指甲部位营养不良引起的。特别是长期存在偏食、挑食等不良习惯的人群，容易造成机体营养摄入不足，致使机体中缺乏微量元素或维生素，会造成指甲凹陷有小坑，还可能出现指甲横纹、指甲变薄以及容易折断等表现。

其次，可能为灰指甲引起。该病主要是指甲受到真菌感染所致，被真菌感染的指甲可出现凹凸不平有小坑的现象，还可伴有指甲变黑、增厚等表现。

另外，还可能为银屑病所致。该病可出现指甲凹陷有小坑的表现，还可伴有局部皮肤分布大量红色斑块以及脱屑等表现。