指甲上有凹陷小坑，有以下因素所导致：

1.如果本身患有糖尿病，血糖长期不稳，可能会对末梢循环造成影响，四肢末梢出现缺血的状态，就会导致糖尿病足，而使指甲上有凹坑，还伴有指甲发黑、四肢麻木等症状。

2.如果在日常不注意手指部位的卫生，传染上了真菌，就会导致指甲上有凹陷小坑，还伴有变黑、增厚、易断等症状。

3.如果长时间挑食偏食，可能会导致体内微量元素与维生素缺乏，会引起甲营养不良，就会导致指甲上有凹陷的小坑，还会使指甲变薄，有横纹。