自身免疫性胰腺炎和胰腺癌都是危害性严重的疾病，但两者的恶性程度不同。胰腺癌是可怕的癌症，尤其是胰头癌，往往一经发现存活期就很短。

区别有症状不同：自身免疫性胰腺炎没有特异性的症状，胰腺癌上腹部可由饱胀感，疼痛症状特别明显。

病因不同：自身免疫性胰腺炎的病因是有待阐明的，胰腺癌的起因有很多，比如生活因素，长时间吸烟或是喝酒等，另外还有环境污染等。

治疗方法不同：自身免疫性胰腺炎的治疗工作多采用激素治疗，胰腺癌早期以手术治疗为主。