肛门脓肿需要行手术治疗。肛门脓肿属于化脓感染性疾病，病变处会形成脓腔，脓腔内会积存脓液，所以需要通过手术将脓腔切开，并使脓腔内的脓液引流出体外，才能快速的缓解局部肿痛症状，控制局部感染，防止感染继续加重，而造成比较严重的后果。

由于肛门脓肿大多是由于直肠内肛腺感染所导致的，大多经单纯切开引流后会发展成为肛瘘，所以目前在临床上大多数采取一次性根治术，也就是在切开脓腔引流的同时，将感染的肛腺一并切开，这样就可以达到一次性治愈肛门脓肿。