附睾结核的临床表现常为慢性过程，大部分患者是自己发现阴囊内有硬结，坠胀或疼痛，疲劳时加重而就诊。

如果继发感染，则局部表现红肿、疼痛，或因其他疾病就诊体检时被医生发现，约20%患者病变可累及睾丸，使睾丸肿胀与附睾无明显界限，后期附睾干酪样病变常于阴囊黏连，阴囊也见肿大，部分形成寒性的脓肿，破溃后流出脓液，渐变稀薄，夹有豆渣样坏死组织，时发时愈，容易形成窦道。

若伴有射精疼痛和精液中带血，应考虑为精囊结核，后期可有低热，盗汗，腰酸等症状。