3个月的宝宝流鼻涕、咳嗽，可以采取以下方式处理：

1.先调整居住的环境，经常开窗通风，保持室内55%的湿度，温度要控制在26℃左右。

2.轻微流鼻涕、咳嗽可能是鼻涕倒流入咽喉，引起的刺激性咳嗽。可以服用感冒药物治疗，比如小儿感冒颗粒等，给宝宝多饮水，能逐渐好转。

3.严重的咳嗽则需要进一步做肺部CT，抽血化验等检查。细菌感染导致的，可给予头孢克洛颗粒、小儿化痰止咳颗粒、肺力咳合剂等药物治疗。长时间不能缓解，还是要排除是否过敏因素导致。