怀孕3个月肚子疼，可能是以下原因所引起：

1.由于在怀孕以后，孕妇的胃肠功能会受到影响。如果食用了生冷、油腻或者是不洁的食物，有可能会导致胃肠系统功能紊乱或急慢性胃肠炎，就会引起肚子疼痛。

2.如果肚子疼痛还伴有阴道少量出血，应当警惕为先兆流产，就医进行检查，确诊以后，应当使用黄体酮、地屈孕酮等药物进行保胎治疗。

3.如果胚胎在发育的过程当中出现了胚胎停育，可能会导致自然流产，也会出现明显的肚子疼痛，疼痛会比较严重，还伴有阴道大量出血。