怀孕3个月肚子疼，应当先判断原因，再进行针对性处理。

如果只是偶尔出现肚子疼痛，疼痛的症状也不严重，可能是由于子宫增大以后，牵拉到了周围韧带所引起，通常无需进行治疗。应当多休息，避免过度劳累，调整心态。怀孕3个月肚子疼痛，还可能为假性宫缩所引起，一般也不需要进行治疗。

如果是由于饮食因素所引起的肚子疼痛，可能是存在胃肠功能紊乱，应当调整日常的饮食，少食多餐，适当进行运动，加强腹部保暖。

如果肚子疼痛还伴有出血，应警惕为先兆流产，需及时就医进行检查和治疗。