一般巧克力囊肿手术方式，包括两种，一种是腹腔镜微创手术，一种是开腹手术。腹腔镜的手术优点是，创伤比较小，就在肚子上打3到4个洞，然后恢复的比较快。如果可以选择的话，建议选择微创手术。另外关于手术方式的选择，包括根治性手术和保守治疗的手术。根治性手术，就是把患有巧克力囊肿的患侧卵巢全部切掉，保守治疗手术是只切除患侧卵巢的巧克力囊肿。根治手术的好处是以后患侧卵巢囊肿不会复发，但是患侧卵巢已经没有功能了。保守治疗的好处是还保留患侧卵巢的功能，但是这个患侧卵巢巧克力囊肿，还有可能复发。建议年轻的女性，特别是有生育愿望的女性，选择腹腔镜下患侧卵巢巧克力囊肿剥除手术，保留卵巢的功能。