先天性睾丸发育不全的治疗，如睾丸的体积小，表示睾丸发育不良或者是萎缩，则患者表现为性功能存在，但没有生育能力。

先天性睾丸发育受影响的是生精细胞，精液中很难找到精子或者即便有，也是无功能的。

且睾丸为隐睾症，这时要及时手术治疗，防止癌变，药物没有太好的治疗方法。到少年期，肌肉注射庚酸睾酮，开始剂量每3周肌注50μg，以后逐渐增加，直至成人维持剂量，每3周200mg，也可采用口服睾酮制剂，以维持体内雄激素水平。