三个月宝宝眼圈发青，是由于以下几种因素所导致：

1.营养物质缺乏所引起。在宝宝成长的过程中，缺钙引起佝偻病时，就会导致宝宝在夜晚睡觉的过程中，出现易惊醒、易哭闹的表现。这样会影响睡眠质量，长期如此，也会导致宝宝出现眼圈青的症状。

2.患过敏性皮炎所导致。患有过敏性鼻炎时，会出现鼻甲肿大的现象。鼻甲肿大压迫后，就会导致宝宝出现眼睑的静脉回流不畅，所以也会有眼圈发青的表现。

3.宝宝在患心脏疾病后，会影响心脏的血液循环，这时也会导致宝宝出现眼圈发青的现象。