三个月的宝宝睡觉老是摇头，可能是由于缺钙、头皮湿疹、中耳炎等导致。

1.缺钙。如果三个月的宝宝母乳喂养不足，有可能会出现缺钙的情况，从而导致睡觉老是摇头，还有可能会出现夜间盗汗、枕秃、夜间惊醒等现象。

2.头皮湿疹。三个月的宝宝患有头皮湿疹，可能会出现红斑、丘疹、瘙痒等现象，而在睡觉的时候老是摇头，能够缓解瘙痒的症状。

3.中耳炎。三个月的宝宝患有中耳炎，有可能会导致耳内充血、水肿、瘙痒，而在睡觉的时候老是摇头，能够摩擦耳朵部位，从而可以缓解瘙痒的现象。