原发性脑干损伤主要是与脑挫裂伤、脑水肿以及颅内出血进行鉴别。因为原发性脑干损伤可以在头部撞击外伤以后导致出现昏迷状态，而上面其他这些也可以引起昏迷。

这些首先通过症状表现有一些差别，原发性脑干损伤一般在伤后会陷入深度昏迷，也可以出现一些生命征的改变，比如可以出现呼吸的急促、呼吸浅慢以及心率增快、血压下降等。而上面其他这些虽然也出现昏迷，但是一般在早期很少出现生命征的改变。

另外通过影像学检查也能够进行鉴别，这需要进行急诊ct检查，通过颅脑ct检查原发性脑干损伤，能够看到脑干位置的点片状、高密度或者低密度影。而脑挫裂伤是出现其他的脑部位的高低混杂密度影，颅内出血能够看到颅内有团块状的高密度影像。