原发性脑干损伤主要是因为头部的撞击，脑的外伤引起的。需要跟其它的疾病和外伤情况进行鉴别，如脑挫裂伤，脑干损伤和脑挫裂伤都可以出现头疼的症状，也可以出现颅内压增高，呕吐、恶心表现，严重者都可以出现昏迷甚至危及到生命。这两者主要是通过ct检查来进行区分，通过ct能够看到挫伤灶。另外，原发性脑干损伤还要跟缺氧以及继发性脑干损伤鉴别，如果是有窒息或者是肺内的误吸，导致长时间的没有自主呼吸，是可以导致出现缺氧性脑干损伤的。此外，在外伤以后，会因为脑部的水肿压迫脑干，也可以引起脑干的损伤。不过这个症状是合并有其他部位的脑损伤，比如脑内的出血或者挫裂伤严重的情况下出现的，并且是逐渐出现。而原发性脑干损伤，是在外伤当时就已经出现的。