原发性脑干损伤和继发性脑干损伤，通常从以下几点进行鉴别：

第一，发病机理。原发性脑干损伤通常是由于脑干直接受到外力的打击。继发性脑干损伤一般是由于出现了颅内的血肿，广泛性的脑挫裂伤导致脑疝形成，压迫了脑干产生的。相对来说，原发性脑干损伤症状更重。

第二，临床表现。原发性脑干损伤由于脑干直接受到外力的打击，所以患者通常伤后立即出现昏迷。继发性脑干损伤由于是继发于其它的外伤，所以患者伤后有可能是清醒的，然后逐步发展到出现昏迷。

第三，CT检查。原发性脑干损伤通常表现为脑干有点片状的高密度影，但是脑干通常没有明显的扭转以及移位。继发性脑干损伤除了有以上的表现以外，另外还可以看到颅内有血肿，以及广泛性的脑挫裂伤等，从而使脑干出现明显的移位以及扭曲。

第四，颅内压监测。原发性脑干损伤，通常颅内压力不是很高。但是继发性脑干损伤通常合并有颅内的血肿，所以颅内压力出现明显的升高。