附件区有囊肿，如何治疗要根据囊肿的大小、性质以及伴随症状。如果附件区囊肿较小，可能是滤泡囊肿或黄体囊肿，平时没有不适的症状，可能随着月经周期变化增大、缩小或自行吸收，不需要特殊处理，注意定期复查就可以。

输卵管卵巢囊肿或者输卵管积液时，也可能出现附件区囊肿，这时候可以根据囊肿的大小，给予腹腔镜手术治疗。如果附件区囊肿大于5cm或者伴有腹痛，就有可能是恶性肿瘤或巧克力囊肿导致的，应该及时进行手术治疗。

建议女性出现附件区囊肿，一定要定期复查盆腔彩超及肿瘤标志物，排除恶性，避免延误病情。