怀孕40天能不能流产，要看b超检查的情况。如果b超做出来是子宫腔里面怀孕，那就可以流产。如果b超做出来，子宫腔里面没有看到胚胎，这种情况是不能流产的。这是由于在怀孕的早期，还要排除宫外孕的可能性。

所以，如果当怀孕40天的时候，b超下面没有看到胚胎，建议过一周以后再去做b超检查。正常情况下，随着胎儿的长大，子宫腔里的胚胎也会慢慢长大的。所以，一周后如果能够看到胚胎，还是可以做流产的。如果过一周仍然看不到，这种情况就要高度怀疑宫外孕的可能性。