百合甘微寒入肺、心、胃经具有养阴润肺，清心安神的作用。百合性味微寒，作用平和，能够补肺阴又能清肺热，具有一定的止咳祛痰作用，常与款冬花配伍以治疗阴虚肺燥有热的干咳少痰，咳血或者咽干喑哑。百合可与生地、玄参、桔梗、川贝母等清肺热祛痰的药物一同使用，以治疗肺虚久咳、劳嗽咳血。

百合养阴清心，宁心安神，可以与麦冬，酸枣仁等清心安神的药物一同使用，以治疗虚热上扰所致的失眠、心悸。除此之外，百合还可以养胃阴清胃热可以治疗胃阴虚有热的胃脘疼痛。其蜜制后，可以增强其润肺的作用，常取6到12克煎服。

现代药理发现百合含有酚酸甘油酯、丙酸酯衍生物、微量元素、蛋白质、脂肪等物质，百合水的提取液有一定的止咳祛痰作用以及镇静抗过敏作用。