先天性生殖器发育异常会引起性交疼痛的。比如女性如果有处女膜闭锁或是处女膜肥厚等情况，都会影响正常的性生活，可能会导致性交疼痛或是不能正常性生活，或者是阴道纵隔，也可能会导致性生活时出现疼痛症状。

女性一旦检查出有先天性生殖器发育异常的情况就要尽快治疗，以免影响性生活和生育，一般需要通过手术方法治疗。

若不影响正常的性生活和生育，也不需要特别处理，要根据具体的情况来对症治疗。有性交痛的情况就需要暂停性生活，平常要注意保持外阴的清洁卫生。