肛周脓肿为急性感染性的疾病，属于良性疾病，所以其并不会出现恶化，不会导致恶性肿瘤形成。

但肛周脓肿如果不及时治疗，有可能会造成一些比较严重的后果，特别是一些高龄患者以及免疫力低下的患者，有可能会导致严重的感染，比如坏死性筋膜炎、脓毒血症等，严重的会危及患者的生命。

而当肛周脓肿破溃后形成肛瘘，就进入了慢性炎症迁延期。由于肛瘘外口会出现反复的流脓，反复的局部炎症刺激，有可能会导致局部组织恶变，特别是对于一些病史超过10年以上的肛瘘患者，恶变概率会提高。