妊娠并发症是可以引起胎儿畸形的，妊娠并发症有很多种，如果是孕妇在妊娠期并发甲状腺功能减退或者甲状腺功能亢进，有大量的研究资料都表明可以导致胎儿发育畸形，甚至胎儿会有智力发育障碍的问题，如新生儿呆小症等。

另外如果孕妇在妊娠期并发糖尿病，高血压或者严重贫血、高热疾病及严重感染等或者是合并有羊水异常，也都是可以导致胎儿发育畸形。

比如先天性心脏病、脊柱裂、唇腭裂等都是有可能发生的，怀孕早期的妊娠剧吐如果不及时治疗，也可以导致胎儿营养供应不足甚至缺乏，从而引起胎儿发育上的异常。