附睾结核应该于慢性附睾炎鉴别。慢性附睾炎疼痛比较明显，常有急性发作的病史，增大的附睾不如结核硬、大，且很少形成局限性硬结，不形成窦道，也没有输精管串珠样的改变。患附睾结核时，附睾肿大，附睾管被破坏、阻塞、病变组织也阻塞输精管，精子不能排出，可引起不育。

若病程达一年以上，则75%可累及双侧，病变多由附睾尾部开始，逐渐向附睾头方向蔓延，可发生纤维化、干酪样坏死或溃破。此时，治疗必须切除双侧附睾，则将丧失生育能力。