怀孕40天进行药流，大多数情况下多可以流干净。但是，也有一些孕妇对于流产药物不敏感，也有可能会出现流产不全现象。

所以，怀孕以后吃流产药物是否能流干净，与对药物的敏感程度、妊娠的时间等有一定的关系。如果女性平时月经周期规律，一般在怀孕40天左右，可以做B超在宫腔内看见妊娠囊，这个时候可以选择药物流产。如果女性平时月经周期不规律，做B超在宫腔内可能看不到妊娠囊，这个时候就不能够服用药物流产。

女性在服用流产药物后，需要多注意出血量。如在服用流产药物后一周左右，去医院做B超检查，宫腔内是否有残留物存在。