男性生殖器畸形的检查，首先是需要对外生殖进行查看，明确畸形的外观性状，还需要辅助彩超检查，了解睾丸、附睾以及射精管、前列腺等部位的畸形状况。

采血做性激素化验、睾丸穿刺、染色体等相关检查。综合检查后，明确畸形的具体类型以及评估功能状态，根据情况便于指导选择适宜治疗方案。

比如药物补充治疗，维持性激素水平，有利于性生活正常完成，或者是矫形手术处理，通过手术，尽量恢复外观形态，有利于完成性交，最大限度保障生育力。