自身免疫性胰腺炎患者可以服用一些糖皮质激素类药物进行治疗，目前常用的药物多为泼尼松。另外，有些患者也可以使用一些免疫抑制剂，目前常用的药物为硫唑嘌呤、吗替麦考酚酯等，甚至有一些患者还可以使用熊去氧胆酸。

对于自身免疫性胰腺炎，患者在吃药时一定要在医生面诊后严格按照医嘱服用药物。患有自身免疫性胰腺炎的患者，通过药物进行治疗无效时，也可以进行内镜或者是外科手术治疗。

患有自身免疫性胰腺炎的患者，属于一种良性疾病，经过积极治疗后，预后一般良好。