肛瘘有两年了一肿胀就难受，说明肛瘘处于慢性感染期。内口发生感染后，脓液及坏死物质或肠腔内的粪便，就会沿着瘘管流向外口，经外口流出，患者会有局部肿胀疼痛的感觉，但一般症状比较轻。

出现这种情况时，应及时给予抗感染治疗，口服或静脉滴注抗菌药物，经有效的抗感染治疗后，肿胀难受的情况会好转。但肛瘘会一直存在，内口会反复发生感染。

如果感染严重，会形成肛周脓肿，所以建议及时将肛瘘治愈，以防发生肛周脓肿等严重后果。