肛门脓肿可分为非瘘管性脓肿和瘘管性脓肿。非瘘管性脓肿是指脓腔不与肛内相通，只是局部的软组织感染化脓而形成的脓肿，常见的如皮脂腺及汗腺受到感染后形成的，这种脓肿在皮肤破溃，脓液流出后脓腔可自行愈合，一般不会再次发作。

而瘘管性脓肿是由内口、瘘管和外口三部分组成。感染的部位首先出现在肛内的肛隐窝处，继而感染扩散到周围软组织内，直至肛周皮下，皮下的脓腔破溃后流出脓液形成了外口，这种脓肿即使外口破溃，脓液流出也不能自愈。因为内口位于肛内，如果未处理好内口感染会反复发作，肛门脓肿会反复出现。而处理内口是需要进行手术的，保守治疗是无效的。