发烧伴有疼痛，可以有以下几种原因：

第一，肾脏的疾病，当有肾盂肾炎，或者是肾脏的脓肿感染时，就可以有发烧的症状。同时伴有腰疼，这时要检查肾脏的彩超，以及肾脏的CT、化验血尿，进行诊断和治疗。

第二，脊柱的感染性的疾病，比如腰椎的结核，或者是腰椎的布氏杆菌感染，以及细菌性的感染，都可以导致严重的腰痛，同时伴有发热的症状。同时可以伴有乏力，以及食欲减退等全身性的症状。这时要检查腰椎的核磁共振，以及结核菌的检查进行诊断和治疗。

第三，由于腰部软组织的感染性的疾病，比如腰部肌肉、肌间的感染、脓肿的形成，就可以导致发烧，同时伴有腰痛。