龟头上有小水疱，可能与疱疹病毒感染、包皮龟头炎、摩擦过度等原因有关。

疱疹病毒感染多半是由于不洁的性接触引起，往往会表现为龟头上有簇状分布的小水疱，伴有瘙痒、明显疼痛感。水疱可以自行破溃引起糜烂，做疱疹病毒检测可以明确诊断。

包皮龟头炎，也可出现龟头上有小水疱，同时伴有龟头红肿、疼痛、有分泌物，严重时会造成龟头糜烂。如果龟头受到过度摩擦，造成局部表皮受损，也会造成有小水疱的现象。