疱疹性咽峡炎和化脓性扁桃体炎是完全不同的两种疾病。

首先，从疾病的治愈性上，疱疹性咽峡炎具有明显的自限性，多数患者的疾病会在1周~2周左右的时间自行好转。但化脓性扁桃体炎则一般无法自愈，需要使用足量的抗生素等药物来进行干预和治疗。

其次，两种疾病发病以后的典型症状也是不同。疱疹性咽峡炎患者患病以后，典型的症状表现是在咽下部位出现的水疱。但化脓性扁桃体炎的典型症状则是咽喉部位的肿痛和化脓表现，因此两种疾病在临床上的区分还是比较容易。