扁桃体炎和咽峡炎的区别是解剖部位不同，疾病程度不一样。

扁桃体炎是扁桃体部位感染发炎，咽峡炎是在咽腔比较广泛区域引起的感染性发炎，需要区别对待治疗。一般情况下，扁桃体炎需要在医生指导下使用敏感抗生素治疗，同时使用激素治疗促进炎症恢复。咽峡炎多于病毒感染发炎导致，需要在医生指导下使用抗病毒药物治疗，促进恢复。

两种疾病需要根据各自特点区别治疗，请按照科学方法在医生指导下治疗，以促进恢复，避免症状逐渐严重。