奋森咽峡炎和扁桃体炎的区别，主要有下面几个方面：

1.病因不同。奋森咽峡炎主要是由于厌氧梭形杆菌及奋森螺旋体两种致病菌感染，所引发的疾病。而扁桃体炎则是由于链球菌、葡萄球菌等多种细菌致病菌感染所引发。

2.疾病的典型临床表现有所不同。奋森咽峡炎的主要临床症状以一侧的牙龈和扁桃体的疼痛为主，较少出现体温超过38.5℃的情况。而扁桃体炎则是以咽喉部位的疼痛、全身的高热等症状为主，体温高热时，甚至可以达到39℃~40℃以上。