小儿矮小症的鉴别应该仔细的了解母亲怀孕期间的孕期、围生期、喂养和疾病等情况，结合宝宝的体格检查、实验室检查等综合进行鉴别。

第一、家族性矮小症，父母个子都矮，身高都在第300分位数左右，但起初增长速度大于5厘米，骨龄和年龄是相称的，而且智能和性发育均正常，而生长激素缺乏峰值是正常的。

第二、是体质性青春期延迟，属于正常发育中的一种变异，较为常见，而且多见于男孩，出生后或者是生长后数年生长无异常，随着近年的身高增长及成熟缓慢，特别是青春发育期前或者是进入青春发育期时，性发育出现可延迟数年，而骨龄落后与性发育延迟相关，也是与身高平行，而且父母大多有类似的既往史。

第三、宫内发育迟缓，可能和母亲怀孕期间营养或者是供氧不足、胎盘存在病理性的因素、宫内感染、胎儿基因组遗传缺陷等导致胎儿宫内发育障碍，导致宝宝出生时多为足月小样儿，上方疾病，无家族史、也无内分泌异常，出生以后即易发生低血糖，生长缓慢。

第四、染色体实异常，这种情况主要是临床表现不典型，也是以生长发育迟缓为主，需要进行染色体检查，才能鉴别，最多见的是二十一三体综合症，除身材矮小以外，可伴有智能落后、特殊的典型面容等。

第五、是骨胳发育的异常，各种骨、软骨发育不良都有特殊的体态和外貌，一般进行骨骼x线检查或者是相关的基因检查可以明确诊断。

所以，矮小症的鉴别一定要从多方面来考虑。