卵巢囊肿和巧克力囊肿的区别在以下几点：

一、临床症状不同。如果卵巢囊肿比较小，大部分女性并没有什么症状，只是在常规的体检中被发现。但是巧克力囊肿有时候即使很小，它的临床症状也比较严重，这样的女性往往会出现进行性加重的痛经。严重的女性会影响到平时的工作和生活，在月经来潮的时候出现恶心、呕吐、下腹部疼痛这样的症状。

二、他们的B超检查是不一样的。卵巢囊肿在B超下面可以看到一侧附件有一个囊性的包块，包块里面往往是液体，巧克力囊肿可以在包块里面发现有不均质的包块。